Mária Terézia 1789-ben Szabadkát Szabad Királyi Várossá avatta. A település várossá lett, igy szüksége adódott egy új infrastruktúra kialakitásának. Így nem egész egy évvel ezután, 1780. január 10.-én  a Városi Szenátus jóváhagyta Czorda Ferenc úrnak az első városi gyógyszertár, a Magyar Korona Gyógyszertár megnyitását az Úri utcában. A gyógyszertárat többször is áthelyezték, majd 1912.-ben a Városháza kiépítése után a mai 1-es kirendeltség helyére került.

1813-ban nyílt meg a másodikat a budai Xavér Ferenc Pesl nyitotta,. Öt év után Szabó Ferencnek adta el, aki 1829-ben Muhámer Ignácnakadta el, aki pedig a kolerajárvány elől menekülve 1831-ben Martinovics Ernesztnek adta el. A XIX. Század hatvanas éveiben a Piac téri (Fő téri) gyógyszertár Joó Ignác tulajdonában volt, a XIX. Század utolsó évtizedéig örökösei vezették. A gyógyszertárat 1895-ben Szilber Lajtner Ferenc vásárolta meg.

Szilber Lajtner Ferenc 1857-ben született Konstantinápolyban, ahová apja az 1848-as, 1849-es forradalom résztvevője a győztesek bosszúja elől menekült. Szilber budapesti tanulmányainak befejezése után néhány évet európai városokban dolgozott, hogy 1895-ben a szabadkai Védőanyánál nevű gyógyszertárat vásárolja meg. A következő évben teljes mértékben felújította a régi és elhagyatott gyógyszertárat, ami alatt egy új mobiliár elkészítését is értjük. Így jött létre az a bútor, amely ma is lenyűgöz minket összhangjával és szépségével. Mint minden újdonság felé nyitott ember lévén 1901-ben az eslő autó tulajdonosa lett Szabadkán, majd később a város polgármestere lett.

A XX. század elején a város fejlődése és a lakosság számának növkedése maga után vonta az új patikák megnyitását Szabadkán és a környező településeken egyaránt (Palicson 1903.-ban, Nagyfényen 1906.-ban, stb.)

Közvetlenül a Második világháború előtt a városban 16 patika működött, melyek a háború után népi gyógyszertárak lettek. A gyógyszertárak történelmének ettől kezdődő szakaszában a következő események jelentősek:

• 1962.-ben alakul meg a SZABADKAI NÉPI GYÓGYSZERTÁR egészségügyi intézmény, melynek keretén belül a gyógyszertárak kirendeltségekké válnak
• 1974-ben a SZABADKAI NÉPI GYÓGYSZERTÁR a Szabadkai Egészségügyi Központ részlegévé válik, mint Gyógyszertár TMASZ (Társult Munka Alapszervezet). A Kórház gyógyszertárát szintén ehhez a TMASZ-hoz csatolják.
• 1993.-ban válnak ki a gyógyszertárak az Egészségügyi Központból és megalakul a Szabadkai Gyógyszertárak, mint külön egészségügyi intézmény.
• 1998-ban a Szerb Köztársaság kormánya – Egészségügyi Minisztériuma átvette az Egészségügyi Intézetet és a gyógyszertárt, amely a Szabadkai Gyógyszertár nevet veszi fel, amely név alatt ma is üzemel. 

2007. január 1-jén a Szabadkai Gyógyszertár alapító jogát átveszi Szabadka Község.